Het goed schoonhouden van de Neti Pot is erg belangrijk. De uiteinde van de tuit komt in direct contact met stof en bacteriën in de neus.
Maak je de Neti Pot niet goed genoeg schoon dan kunnen er viezigheid en bacteriën zich ophopen. Na verloop van tijd kan er zo een bruin randje ontstaan bij de uiteinde van de tuit. En dat willen natuurlijk niet!